Он также был, с одной стороны, противораскольнический, с другой, очень большое место было уделено сектантам. Самые разные секты заполонили Россию. В южных губерниях это были штундо-баптисты, малакане и другие. Целью съезда, как было сформулировано, выработать меры, чтобы спасти православный народ от гибельного пути. С пламенной речью выступил Саблер, впоследствии обер-прокурор, а в то время просто чиновник канцелярии Священного Синода. В частности, он сказал: «Враги Церкви стараются наступать на нас сплоченной ратью. Необходимо для ратоборцев православных единство мыслей и действий, нужна техника дела, плотная связь между собой и в общем труде». Особенно он обратил внимание на опасность от так называемых рационалистических сектантских учений – адвентистов, баптистов, духоборцев, штундистов, малакан, субботничества, толстовцев, пашковцев. По его мнению, наибольшую опасность представляли баптисты, штундисты, которые насаждали не только рациональную веру баптистского типа, но выступали против российского образа жизни, образа жизни крестьянина, вводили даже одежду, принесенную с Запада.

Все это псевдодуховное просвещение, о котором мы теперь так много знаем, хлынуло тогда на Россию, когда Россия начала нравственно подниматься. Этот съезд дал очень много и самим миссионерам, и для понимания Священным Синодом и обществом ситуации в миссионерском деле. В частности, было решено издавать Евангелие, и Библию с подстрочными толкованиями и примечаниями, издать Евангелие и Библию со специальными примечаниями, касающимися ее понимания различными сектантами – специально для баптистов, специально для малакан и т.д. Для внутренней миссии, которая была признана главной в то время, основная задача была сформулирована так: «Охрана православия и всего народа от религиозных заблуждени и возвращение на путь истины от веры отпадших».

На этом съезде, а также на последующих, играл большую роль сотрудник Священного Синода, Скворцов, который издавал деяния этого и следующих миссионерских съездов. Он, в частности, заявил на съезде, что «сектантские учения разрушают не только религиозные мировоззрения, но и расшатывают весь государственный строй, способствуют развитию противогосударственных течений и идей. В среду сектантов легко проникает атеизм и социализм».